По результатам оценки результативности научных организаций присвоена 3-я категория (приказ ФАНО России № 157 от 30.03.2018).
30 сентября 2019 года кандидат биологических наук Купчинский Александр Борисович избран директором Байкальского музея ИНЦ СО РАН.
Байкальский музей ИНЦ СО РАН создан в 1993 году на базе существовавшей ранее Байкальской экспозиции Лимнологического института СО РАН. Экспозиция, рассказывающая о происхождении жизни и исследованиях оз. Байкал, начала создаваться в 1925 г., одновременно с организацией Байкальской экспедиции РАН. Затем она в 1928 г. пополнялась и совершенствовалась на Байкальской лимнологической станции АН СССР, а после создания Лимнологического института СО АН СССР в 1961 г. вошла в него в качестве отдела под названием Байкальский музей со штатом 2 человека. Руководителем музея была назначена В.И. Галкина. Главной функцией отдела было отражение и популяризация научных знаний о Байкале, главным образом собранных сотрудниками Лимнологического института.
19 января 1987 г. Байкальский музей вышел из состава Лимнологического института и стал называться Байкальским музеем на правах отдела Восточно-Сибирского филиала СО АН СССР. Постановлением Президиума СО РАН № 16 от 22 января 1993 г. Байкальский музей получил самостоятельность на правах научно-исследовательского учреждения СО РАН. Распоряжением СО РАН от 2 декабря 1997 г. Байкальский музей стал именоваться Байкальским музеем Иркутского научного центра СО РАН.
